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사회복지법인, 학교법인 등 비영리 법인이 토지, 건물 등의 부동산을 양도할 경우에도 해당 양도소득에 대한 법인세 납부 의무가 발생합니다. 이는 비영리 법인이라 할지라도 부동산 거래에서 발생한 양도차익은 법인세법상 과세대상이 되기 때문입니다.
그러나 비영리법인의 자산양도소득에 대해서는 특별한 과세특례가 적용되어, 일정 요건을 충족하는 경우 법인세 신고 및 납부 의무를 면제받을 수 있습니다. 대신 소득세법상 양도소득세 규정을 준용하여 세금을 납부하게 됩니다. 이를 통해 비영리법인의 납세편의를 도모하고 있습니다.
법인세법상 토지 등 양도소득에 대한 과세 규정
- 비영리내국법인, 국내원천소득이 있는 외국법인의 경우 법인세법 제55조의2에 따라 토지 등 양도소득에 대한 법인세 납부 의무 발생
- 양도금액에서 장부가액을 차감한 금액에 대해 10~55%의 세율 적용(자산 종류, 양도 시기에 따라 세율 상이)
- 고유목적사업에 3년 이상 사용한 토지라도 양도소득에 대해서는 법인세 과세
비영리법인의 자산양도소득에 대한 과세특례
- 법인세법 제62조의2에 따라 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례 규정 적용
- 법인세 과세표준 신고 의무 면제, 대신 소득세법상 양도소득세 규정 준용하여 세금 납부 가능
- 양도가액, 취득가액, 필요경비, 장기보유특별공제, 기본공제 등을 고려하여 과세표준 및 세액 계산
- 의료법인 등 수익사업 영위 법인은 특례 적용 제외
과세특례 적용 시 유의사항
- 동일 사업연도 내 일부 자산만 특례 적용 불가
- 고유목적 사용 자산은 법인세 과세 대상에서 제외
- 양도세 선납부액은 법인세 납부 시 공제 처리
- 장기보유특별공제, 양도소득 기본공제 등 세부적인 계산 요소 고려 필요
양도소득세 상당액 산정
- 양도가액, 취득가액, 필요경비 등을 종합적으로 고려하여 양도소득세 과세표준 계산
- 과세표준에 소득세법상 양도소득세율(6~45%) 적용하여 세액 산정
- 이렇게 계산된 양도소득세 상당액을 법인세로 납부하게 됨
요컨대, 비영리법인이 토지, 건물 등의 부동산을 양도할 경우 원칙적으로 법인세 납부 대상이 되지만, 관련 특례 규정에 따라 양도소득세 규정을 준용하여 납부할 수 있습니다. 이 과정에서 양도자산의 종류, 양도 시기, 고유목적사업 여부, 수익사업 영위 여부 등 다양한 요건을 확인해야 합니다.
또한 양도소득 계산 시에는 취득가액, 필요경비, 각종 공제 사항 등을 종합적으로 고려하여 정확한 과세표준과 세액을 산정해야 합니다. 따라서 비영리법인의 부동산 거래 시 세무 관련 이슈들을 면밀히 검토하여 효율적이고 효과적인 납세 전략을 수립해야 할 것입니다.
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